案例分享 | 胎儿多发畸形常规分析却是阴性,该如何高效判读?2022-08-12 09:55

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  CNV[Copy Number Variation]指拷贝数变异,因基因组发生重排而发生;通常造成基因组1kb以上的大片段增加或减少,是染色体亚显微水平的缺失或重复的表现;按照片段大小,CNV可以分为Exon CNV[外显子水平]和大片段CNV[染色体水平,≥1M] 。在全球遗传病核心数据库OMIM中记录了130多种染色体缺失与重复综合征,而在单基因遗传病中,基因外显子CNV导致疾病的情况也相当常见,尤其是智力障碍、发育迟缓、多发畸形等疾病种尤为凸显[1]。

  传统的全外显子组检测[WES]仅针对点突变[SNV]及小片段插入缺失[InDel]进行检测,然而随着测序技术的发展、测序深度的增加及生信算法的迭代,近年来国内外已陆续出炉了高通量测序技术在产前应用的相关指南和共识,以WES/WGS为代表的检测技术逐步应用到 产前诊断、复杂儿科疾病诊断等多个领域,且其检测的范围逐渐扩展到外显子级别CNV乃至染色体级别CNV的检测已经成为临床应用的一大趋势[2-7]。

  2020年,华大基因推出全外+CNV-seq一站式解决方案,并经过不断的技术优化升级扩大检测范围、缩短检测周期,针对胎儿多发畸形或复杂病例,为临床提供更快速、准确的检测服务。今天,小编整理了两个真实的临床案例分享给大家,也欢迎诸位来评论区交流相应的案例。

  

  案例描述

  

  

  

  张女士[化名],是一名多指患者,大龄生育了一个宝宝,同为多指患者。为查明家族病因,张女士送检了华大基因的全外显子组家系检测。检测结果表明:在宝宝的LMBR1基因上1-17号外显子发生了拷贝数重复,且基因型结果显示该变异来源于母亲[杂合],父亲则是野生型;最终锁定常染色体显性遗传的“三指节拇指多指[趾]畸形综合征/AD”,该综合征属于常 染色体显性遗传,即胎儿的致病变异遗传自母亲。

  

  

  

  张女士全外家系检测结果部分截图

  

  

  

  三指节拇指多指[趾]畸形综合征/AD

  

  

  

  是一种呈常染色体显性遗传的肢端畸形,表现为在第1指即大拇指的位置出现一个或多个具有三节指节的类似大拇指结构,同时存在第3-5指全并指或第4-5指并指,而第2指往往受累较轻,通常下肢受累较轻。

  

  

  

  案例点评

  

  

  

  常规的全外检测并不包含CNV分析,而华大基因的产前全外产品则可精准检测外显子CNV,助力临床快速精准诊断。然而,类似多指这样的多发畸形疾病是相对比较复杂的疾病,不同检测机构使用的探针不同、生信分析技术不一、数据库注释全面性不等同诸多因素都会导致报告位点的差异和结果的不同。因此,建议临床医生在遇到临床症状明确但报告结果阴性的时候,要对照疾病本身的相关报道、报告检测范围与技术局限性,分析结果的可信度并制定后续的排查方案。

  

  

  

  临床案例二

  

  

  

  案例描述

  

  

  

  何女士[化名,正常表型]在进行孕检时,超声结果提示胎儿多发畸形:下颌畸形,双足异常,且胎儿出现皮肤水肿增厚;随后在孕周内发生了胎儿流产。为了查明病因,临床医生先对流产组织进行了染色体层面的微缺失微重复检测分析,但结果为阴性;随后医生再将流产组织送检华大基因全外家系检测,结果表明:胎儿在DOK7基因上携带一个父源外显子CNV[EX5-EX7E Del],以及一个母源的点突变[c.1263_ 1264insC],两个变异位点构成复合杂合,导致胎儿多发畸形及流产的发生。

  

  

  

  何女士全外家系检测结果部分截图

  

  

  

  DOK7基因相关疾病介绍

  

  

  

  先天性肌无力综合征10型/AR:CMS10是突触后传递障碍疾病,临床表征为典型的“肢带”型肌无力伴随神经肌肉接头小且简化,但乙酰胆碱受体和乙酰胆碱受体酶功能正常。

  

  

  

  胎儿运动不能变形序列征3型/AR:指临床和遗传异质性特征群,包括胎儿运动不能、宫内发育迟缓、关节挛缩以及发育异常,如肺发育不良、腭裂和隐睾症等。它与致死型多发性翼状胬肉综合征的表型重叠。

  

  

  

  案例点评

  

  

  

  本案例中的情形其实是临床实践中较为常见的情况:在与患者表型非常相符的某个常染色体隐性遗传病中检出一个致病/疑似致病杂合位点,但找不到可与之构成复合杂合的另一个位点。这种情况建议从检测本身技术局限性角度出发,考虑是否有可能在另一条染色体上存在CNV或者深度内含子变异等常规高通量检测无法覆盖的情形,并进行针对性排查。

  

  

  

  结语

  

  

  

  从以上两个案例我们可以看出,全外显子组检测CNV的性能提高了遗传病的检出率,为临床医生的精准诊断提供了全新的思路和方法。随着检测技术的发展与临床对于各类变异检测能力要求的提高,WES/WGS检测的边界也在不断拓展,努力为临床提供更完整的疾病诊断解决方案、为患者带来性价比更高的检测产品。因理念注重产品,因技术造福人类,华大基因将致力于不断打磨技术流程,升级产品服务,以科技助力我国精准医疗的高速发展。


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